Tout ceci s'explique un peu si on remonte 12 ans en arrière c'est à dire, à la naissance de Naruto. A cette époque, un démon renard à 9 queues, le Kyubi voulait détruire le village caché de Konoha. Les grands Hokagés de Konoha (les ninjas puissants) prirent la défense du village pour tenter de le sauver. Un Hokagé scella le démon renard à neuf queues dans le corps de Naruto avant de mourir.
Naruto grandit sans savoir que le Kyubi est en lui.
Durant son enfance, et dans les premiers épisodes, il coûtoi 2 autres enfants qui seront également les personnages clefs de la série.
Sakura Horuna et Sasuke Uchiwa, qui souhaite tous deux devenir grand ninja et passer l'examen pour devenir Guenin, une étape importante pour devenir un Hokage.
Leur maître est Kakashi Hatake, un mystérieux Jonin (maître ninja) les accompagnera dans le début de leur apprentissage pour être chunin.
Naruto, Sakura, et Sasuke avec qui il est en perpétuelle rivalité, partent pour passer l'examen pour devenir Genin.
Un enfant du village de Orochimoru possédant également un démon en lui aura pour mission d'aller détruire le village caché de Konoha. Gaara sera un personnage clef de cette série.